刺客的信条阴影使玩家可以在两个主角之间进行选择：娜奥（Naoe），女性忍者和历史悠久的非洲武士Yasuke。这种选择通过关注单个角色来引起人们对潜在缺少内容的讨论。
创意总监乔纳森·杜蒙（Jonathan Dumont）向玩家保证，优先考虑一个主角不会导致大量错过的内容。尽管每个角色都拥有独特的开头序列和个人故事弧，但游戏的叙述适应了玩家的选择。 Dumont本人通过在角色之间切换，花了大约3-5个小时与一个小时，然后切换到另一个小时2-3小时。他鼓励玩家遵循自己的偏好，说：“我不相信您会错过很多。这确实取决于您的个人游戏风格。您可能会想，'好吧，我会根据我选择的角色来了解游戏的调整。'每个英雄都有自己的独特介绍和专用的任务线，但是核心体验是灵活的。
