Assassin's Creed Shadows consente ai giocatori di scegliere tra due protagonisti: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, un samurai africano storico. Questa scelta ha generato una discussione tra i fan preoccupati per i contenuti potenzialmente mancanti concentrandosi su un singolo personaggio.
Il direttore creativo Jonathan Dumont assicura ai giocatori che la priorità di un protagonista non porterà a contenuti mancati significativi. Mentre ogni personaggio vanta sequenze di apertura uniche e archi di storie personali, la narrativa del gioco si adatta alla scelta del giocatore. Lo stesso Dumont gioca il gioco cambiando tra i personaggi, trascorrendo circa 3-5 ore con uno prima di passare all'altro per 2-3 ore. Incoraggia i giocatori a seguire le loro preferenze, affermando: "Non credo che ti perderai molto. Dipende davvero al tuo stile di gioco personale. Potresti pensare: 'Va bene, vedrò come il gioco si adatta in base al personaggio che scelgo.' Ogni eroe ha le proprie presentazioni uniche e le loro missioni dedicate, ma l'esperienza di base è flessibile.
