Assassin's Creed Shadows laten spelers kiezen tussen twee hoofdrolspelers: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai. Deze keuze heeft een discussie gegenereerd onder fans die zich zorgen maken over mogelijk missende inhoud door zich te concentreren op een enkel personage.
Creatief directeur Jonathan Dumont verzekert spelers dat het prioriteren van een hoofdrolspeler niet zal leiden tot aanzienlijke gemiste inhoud. Hoewel elk personage unieke openingssequenties en persoonlijke verhaalbogen heeft, past het verhaal van de game zich aan aan de keuze van de speler. Dumont zelf speelt het spel door tussen personages te schakelen en ongeveer 3-5 uur met één te besteden voordat je 2-3 uur naar de andere overschakelt. Hij moedigt spelers aan om hun voorkeuren te volgen en verklaart: "Ik geloof niet dat je veel zult missen. Het komt echt neer op je persoonlijke speelstijl. Je denkt misschien: 'Oké, ik zal zien hoe het spel aanpast op basis van welk personage ik kies.' Elke held heeft zijn eigen unieke introducties en speciale questlines, maar de kernervaring is flexibel.
