Assassin's Creed Shadows permet aux joueurs de choisir entre deux protagonistes: Naoe, une femme Shinobi et Yasuke, un samouraï africain historique. Ce choix a généré une discussion parmi les fans préoccupés par le contenu potentiellement manquant en se concentrant sur un seul personnage.
Le directeur créatif Jonathan Dumont assure aux joueurs que la priorité à un protagoniste ne mènera pas à un contenu manqué significatif. Alors que chaque personnage possède des séquences d'ouverture uniques et des arcs d'histoire personnelle, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Dumont lui-même joue le jeu en basculant entre les personnages, passant environ 3-5 heures avec l'un avant de passer à l'autre pendant 2-3 heures. Il encourage les joueurs à suivre leurs préférences, déclarant: "Je ne crois pas que vous manquerez beaucoup. Cela revient vraiment à votre style de jeu personnel. Vous pourriez penser:" D'accord, je vais voir comment le jeu s'ajuste en fonction du personnage que je choisis. " Chaque héros a ses propres introductions uniques et ses quêtes dédiées, mais l'expérience de base est flexible.