Assassin's Creed Shadows permite a los jugadores elegir entre dos protagonistas: Naoe, una femenina shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico. Esta elección ha generado una discusión entre los fanáticos preocupados por el contenido potencialmente faltante al centrarse en un solo personaje.
El director creativo Jonathan Dumont asegura a los jugadores que priorizar a un protagonista no conducirá a un contenido perdido significativo. Si bien cada personaje cuenta con secuencias de apertura únicas y arcos de historia personal, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. El propio Dumont juega el juego cambiando entre personajes, pasando aproximadamente 3-5 horas con una antes de cambiar al otro durante 2-3 horas. Él alienta a los jugadores a seguir sus preferencias, diciendo: "No creo que te pierdas mucho. Realmente se reduce a tu estilo de juego personal. Podrías pensar, 'Muy bien, veré cómo se ajusta el juego en función de qué personaje elijo'. Cada héroe tiene sus propias presentaciones únicas y líneas de búsqueda dedicadas, pero la experiencia principal es flexible.
