Assassin's Creed Shadows permite que os jogadores escolham entre dois protagonistas: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico. Essa escolha gerou discussão entre os fãs preocupados com o conteúdo potencialmente perdido, concentrando -se em um único personagem.
O diretor criativo Jonathan Dumont garante aos jogadores que priorizar um protagonista não levará a conteúdo perdido significativo. Enquanto cada personagem possui sequências de abertura exclusivas e arcos de histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. O próprio Dumont joga o jogo alternando entre personagens, passando cerca de 3-5 horas com um antes de mudar para o outro por 2-3 horas. Ele incentiva os jogadores a seguir suas preferências, afirmando: "Eu não acredito que você perderá muito. Isso realmente se resume ao seu estilo de jogo pessoal. Você pode pensar: 'Tudo bem, vou ver como o jogo se ajusta com base em qual personagem eu escolho'. Cada herói tem suas próprias apresentações e linhas de missões dedicadas, mas a experiência principal é flexível.
