Assassin's Creed Shadows membolehkan pemain memilih antara dua protagonis: Naoe, seorang shinobi wanita, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah. Pilihan ini telah menghasilkan perbincangan di kalangan peminat yang berkenaan dengan kandungan yang berpotensi hilang dengan memberi tumpuan kepada satu watak.
Pengarah Kreatif Jonathan Dumont menjamin pemain yang mengutamakan satu protagonis tidak akan membawa kepada kandungan yang tidak dijawab. Walaupun setiap watak mempunyai urutan pembukaan yang unik dan arka cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dumont sendiri memainkan permainan dengan beralih antara aksara, membelanjakan kira-kira 3-5 jam dengan satu sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam. Dia menggalakkan pemain untuk mengikuti pilihan mereka, menyatakan: "Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak, ia benar -benar datang ke playstyle peribadi anda. Anda mungkin berfikir, 'Baiklah, saya akan melihat bagaimana permainan menyesuaikan berdasarkan watak yang saya pilih.' Setiap wira mempunyai perkenalan unik dan questlines yang berdedikasi, tetapi pengalaman teras adalah fleksibel.
