Assassin Creed Shadows cho phép người chơi lựa chọn giữa hai nhân vật chính: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử. Sự lựa chọn này đã tạo ra cuộc thảo luận giữa những người hâm mộ quan tâm đến nội dung có khả năng bị thiếu bằng cách tập trung vào một nhân vật duy nhất.
Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đảm bảo với người chơi rằng ưu tiên một nhân vật chính sẽ không dẫn đến nội dung bị bỏ lỡ đáng kể. Trong khi mỗi nhân vật tự hào có các chuỗi mở đầu duy nhất và các câu chuyện cá nhân, câu chuyện của trò chơi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Bản thân Dumont chơi trò chơi bằng cách chuyển đổi giữa các nhân vật, dành khoảng 3-5 giờ với một trước khi chuyển sang người kia trong 2-3 giờ. Anh ấy khuyến khích người chơi làm theo sở thích của họ, nói: "Tôi không tin rằng bạn sẽ bỏ lỡ rất nhiều. Nó thực sự thuộc về lối chơi cá nhân của bạn. Bạn có thể nghĩ, 'Được rồi, tôi sẽ xem trò chơi điều chỉnh dựa trên nhân vật tôi chọn.' Mỗi anh hùng có những lời giới thiệu độc đáo và các nhiệm vụ chuyên dụng, nhưng trải nghiệm cốt lõi là linh hoạt.
