刺客的信條陰影使玩家可以在兩個主角之間進行選擇：娜奧（Naoe），女性忍者和歷史悠久的非洲武士Yasuke。這種選擇通過關注單個角色來引起人們對潛在缺少內容的討論。
創意總監喬納森·杜蒙（Jonathan Dumont）向玩家保證，優先考慮一個主角不會導致大量錯過的內容。儘管每個角色都擁有獨特的開頭序列和個人故事弧，但遊戲的敘述適應了玩家的選擇。 Dumont本人通過在角色之間切換，花了大約3-5個小時與一個小時，然後切換到另一個小時2-3小時。他鼓勵玩家遵循自己的偏好，說：“我不相信您會錯過很多。這確實取決於您的個人遊戲風格。您可能會想，'好吧，我會根據我選擇的角色來了解遊戲的調整。'每個英雄都有自己的獨特介紹和專用的任務線，但是核心體驗是靈活的。
